北京南站行李寄存处设在二层候车区北安检处的东、西两侧以及地下一层东一、东二通道内，有大号、中号两种规格寄存柜。但需要购票进站寄存。

旅客可根据行李大小选择不同规格寄存柜存放。如大号柜7小时内15元，12小时内25元，24小时内40元。大号柜可以放拉杆行李箱，因此在南站出发可以提前寄存行李。

北京南站建筑面积32万平方米，有24条股道、13座站台，其中从北往南依次为：普速场设到发线5条、3座站台；高速场设到发线12条、6座站台；城际场设到发线7条、4座站台。