冬季蝙蝠的体温可降到8度。

蝙蝠的正常体温是-7.5-48.5℃。某些大型的食果蝠，由于其生理和行为特点不同，体温比较恒定，而绝大多数的小型食虫蝠则是典型的异温动物。生活在温带的蝙蝠，一生中其不活动的时间比活动的时间要多得多，夏天它们差不多整个白天和夜间的一部分时间都在睡眠，有些种类当天气寒冷的时候，便像鸟类一样进行长距离的季节性迁徒。

蝙蝠能够作为烈性病毒的宿主，跟其天然免疫系统DNA感受器STING蛋白有关。蝙蝠STING基因S358位点突变导致干扰素激活减弱，从而避免过度的DNA-干扰素通路激活带来的免疫损伤。有了这些能力，蝙蝠可以活到40岁，却不像体型类似的老鼠只能活两三年。