网上不可以办理港澳通行证。办理港澳通行证流程如下：

一、申请人到受理窗口咨询、领取并填写《中国公民因私赴港澳地区申请表》，工作人员一次性告知许可条件、需提交的材料。

二、根据证件制作的要求，由申请人本人到受理机关或者公安局指定的数码照相点拍照。

三、到受理窗口取号排队。

四、申请人到受理窗口交验材料并领取《回执单》。

五、申请人到办理窗口凭《回执单》打印缴费收据。

六、申请人凭缴费收据到银行缴费。

七、申请人凭银行收费单据和《回执单》到受理窗口领证。

《出境入境管理法》第三条规定，国家保护中国公民出境入境合法权益。在中国境内的外国人的合法权益受法律保护。在中国境内的外国人应当遵守中国法律，不得危害中国国家安全、损害社会公共利益、破坏社会公共秩序。