一、性质不同

指标生：指标生是一种分配制度。

公费生：公费生是一种奖励制度。

二、内容不同

指标生：指标生是指通过录取控制线，可以去对应招生分数线范围高中的学校学习。

公费生：公费生可以获得国家为其免去高昂的学费，办理医疗保险，并且按月发放生活补助。

三、目的不同

指标生：指标生的设置目的是促进教育平等化。

公费生：公费生的设置目的是为了选拔学业优异的学生，减轻学生负担，加强优秀人才的重点培养。

四、学生人群不同

指标生：指标生是针对应届初中毕业生人群。

公费生：公费生是针对大中专院校人群。