居民健康卡主要拥有四个功能，即身份识别、个人基本健康信息、跨机构就医和新农合异地结算、金融功能。其中，个人基本健康信息包括血型、既往病史、药物过敏史等，跨机构就医、新农合异地结算，满足了健康档案、电子病历建设的需求。

居民健康卡是中华人民共和国居民拥有的，在医疗卫生服务活动中用于身份识别，满足健康信息存储，实现跨地区和跨机构就医、数据交换和费用结算的基础载体，是计算机可以识别的CPU卡。

居民健康卡具备借记卡全部功能，包括存取款、转账汇款、代发工资、代扣公用事业费、商场消费、小额快捷支付、投资理财、网上银行、短信通知、网上支付等金融服务。

居民健康卡集区域卫生信息平台、居民电子健康档案和医疗机构电子病历于一身，由当地卫生计生委和合作银行联合发行，用于办理居民个人卫生服务和金融服务。

2011年8月，在第二届中国卫生论坛上，卫生部办公厅主任侯岩表示，卫生部决定整合新农合一卡通、医疗机构就诊卡，为城乡居民配备居民健康卡。