牛奶微波炉加热会损失营养，微波炉的杀菌能力来自于热力效应和生物效应。热力效应能使细菌的细胞蛋白质受热变性凝固，导致细菌死亡，牛奶加热的时间越长、温度越高，其中营养的流失就越严重。

如果用微波炉加热牛奶时间过长，会使牛奶中的蛋白质受高温作用，由溶胶状态变成凝胶状态，导致沉积物出现，影响乳品质量。牛奶加热的时间越长、温度越高，其营养流失就越严重，其中维生素C流失得最厉害，其次是乳糖。